La historia se centra en Naruto Uzumaki, un niño huérfano que vive en la Aldea Oculta de la Hoja (Konoha) y sueña con ser el Hokage (jefe de la aldea), pero la gente lo rechaza constantemente por un misterioso zorro demonio encerrado dentro de él. Naruto asiste a la Academia Ninja donde es reprobado por su maestro Iruka y no logra ascender al grado Genin. Sin embargo, otro maestro, llamado Mizuki, le dice que hay otra manera de convertirse en ninja. El Tercer Hokage se da cuenta que el pergamino sagrado ha sido robado nada más y nada menos que por Naruto (a pedido de Mizuki). Iruka encuentra a Naruto, pero entonces llega Mizuki, el cual llama a Naruto «demonio». Este huye con el pergamino y es atacado por Mizuki. Naruto se salva gracias a la intervención de Iruka y derrota a Mizuki. Al final, se gradúa de la Academia.